Drugi etap dotyczył modernizacji wnętrza, które ostatecznie zachowało swoją funkcję muzealną. Część pomieszczeń wymagała remontu, niektóre całkowitej przebudowy tj. północna część piwnic (oficyna), gdzie znajdują się pomieszczenia obsługi technicznej oraz zespół biurowo-administracyjny. Wschodnia część oficyny została przystosowana do pełnienia roli czytelni i biblioteki wraz z salą edukacyjną. Przebudowie poddaliśmy również sale ekspozycyjne, zespoły pomieszczeń higieniczno-sanitarnych, zaplecze socjalne dla pracowników oraz poddasze i część piwnic.